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根据用途，百级无尘车间可分为两种类型：工业洁净室和生物洁净室。主要应用领域如下。
工业洁净室
以无生命粒子的控制为目标。它主要控制空气尘埃颗粒对工作物体的污染，内部一般保持正压状态。它适用于精密机械工业，电子工业（半导体，集成电路等）航空航天工业，高纯化学工业，原子能工业，光学磁性产品工业（盘，膜，带生产）LCD（液晶玻璃），电脑硬盘，电脑头生产等行业。
生物洁净室
它主要通过活粒子（细菌）和无生命粒子（灰尘）控制工作物体的污染。可分为：
A.一般生物洁净室：主要控制微生物（细菌）物体的污染。同时，其内部材料应能够承受各种消毒剂，并且内部压力一般得到保证。主要用于制药业，医院（手术室，无菌病房）食品，化妆品，饮料生产，动物实验室，理化检验室，血站。
B.生物平安洁净室：主要控制生物颗粒从工作对象到外界和人的污染，内部压力与大气保持恒定。例如：细菌学，生物学，清洁实验室，生物工程（重组基因，疫苗制备）。
